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菌丝培养阶段需要黑暗环境。耳农称“暗壮”。黑木耳菌丝遇到光的照射易生耳芽，这是菌丝在生理成熟前的“早产”现象，会严重影响日后产量。所以，要求培养室门窗用黑布遮光。但要保持通风。菌丝长满袋时，可进行曝光，以促进耳芽的形成。在菌袋培养期间，要经常检查杂菌。正常菌块为纯白色，如发现黄、绿、黑等颜色斑块，即为杂菌，应挑出放另室培养。
棚内可放一支湿度计，经常检视。每天9时和15时进行两次通风，每次30分钟。即把床上盖塑料膜的两边掀起，使空 气流通，排除棚内的二氧化碳，以保证有足够的氧气满足子实体的需要。
常用的灭菌方法有：
①常压法
常压灭菌是用蒸汽锅（或普通锅）蒸的方法。温度达到100℃起一般需要4—6小时，温度不超过100℃时，根据灭菌量的多少，一般保持在8—24小时。即可达到无菌效果。在没在高压灭菌设备或在高温灭菌易破坏的培养基情况下多采用此法。另常压灭菌还有间歇灭菌法。 此法比较麻烦，通常必须进行三次。每次一小时，因为开始蒸后，其中营养细胞被杀死，而其芽胞还保持着活力，所以蒸后，将培养基放入温箱中24小时，待其芽胞萌发后，再蒸第二样再经24小时，蒸第三次，这样才能灭菌彻底。
②高压法 此法乃是利用高压蒸汽杀菌锅进行灭菌，当用蒸汽灭菌时，如锅内增加压力，则温度亦随之增高，例如压力0.56公斤/厘米2=0.55帕斯卡。温度为112.6℃；如压力1公斤/厘米2=0.98帕斯卡。温度可达120—121℃。通常理想灭菌干120℃，20分钟能达到目地。115℃、30分钟也就可以了
使用高压杀菌锅时要分别注意两点。
1.增压前必须把锅内冷空气排尽，否则压力虽然升高，而其温度达不到要求。
2.灭菌完毕后，应使锅内压力徐徐下降，不然，容皿中液体会喷出。棉塞也易脱落，致使前功尽弃，在无烘箱时，其它器皿也可用温热灭菌，灭菌前应该用纸包好。
消毒灭菌主要利用物理或化学因素。各种理化因子究竟能起到灭菌、消毒、防腐中的哪种效果，主要取决于本身的强度或浓度、 作用时间、微生物对理化因子的敏感性及菌龄等综合因素的影响。任何消毒灭菌法的使用，必须达到既杀灭物品中的微生物， 又不破坏其固有性质的目的。
