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绝大多数种子中都含有脂类物质，特别是油料作物种子中含油脂更多。脂类物质包括脂肪和磷脂两大类，前者以贮藏物质的状态存在于细胞中，后者是构成原生质的必要成分。种子中脂肪的品质与脂肪酸的种类有关，如芥菜种子中含有亚油酸、芥酸和亚麻酸等。亚油酸和亚麻酸均有降低血脂的功效。磷脂是细胞原生质的组成成分，主要累积在原生质表面，可生成多种膜。植物中磷脂存在于根、叶、种子等部分，以种子中的含量较多，一般可达1.6%-1.7%，在胚芽中的含量又较内胚乳中的为多。大豆种子磷脂含量特别丰富，尤以胚芽部分为高，子叶中也相当丰富。

种子中的蛋白质可分为贮藏蛋白质和结构蛋白质两大类。种子萌发时，贮藏蛋白质逐渐分解为溶解状态的氨基酸，氨基酸再运转至胚部，构成新细胞的原生质，这样细胞中的贮藏蛋白减少，结构蛋白增多。发芽种子中氨基酸的新形成，必然造成种子氨基酸的种类、不同氨基酸的比例以及种子蛋白的组成发生变化，使发芽种子的营养价值有别于萌发以前的干种子。