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种子中贮藏的糖类主要以淀粉粒的形式存在。当种子萌发时，由于淀粉酶的作用使淀粉粒水解，转变为糊精和麦芽糖，之后经麦芽糖酶进一步分解为葡萄糖。也有由磷酸比酶的作用而使淀粉转化为单糖这一途径。温度较高叶，有利于淀粉酶的水解；而在10摄氏度以下时，则有利于磷酸化酶的水解作用。但在种子萌发的初始阶段，磷酸化酶对于分解淀粉起着主要作用，此酶直接存在干种子中，但分解效率较低，因此在积累相当能量后，就转入效率较高的水解途径。水解产生的还原糖及糊精迅速转移至胚轴中，供种子发芽生长之用。

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种子中的蛋白质可分为贮藏蛋白质和结构蛋白质两大类。种子萌发时，贮藏蛋白质逐渐分解为溶解状态的氨基酸，氨基酸再运转至胚部，构成新细胞的原生质，这样细胞中的贮藏蛋白减少，结构蛋白增多。发芽种子中氨基酸的新形成，必然造成种子氨基酸的种类、不同氨基酸的比例以及种子蛋白的组成发生变化，使发芽种子的营养价值有别于萌发以前的干种子。