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电子化SOP可以有效地保证SOP管理程序中各步骤、各部门工作的衔接。自动化的特性可以很好地保证这种交流、沟通的效果和效率。由于计算机化系统的特点以及电子化签名的使用，使得SOP管理流程中的任何变动都会留下痕迹，相对于传统的SOP而言，在依赖性方面也有很大提升。此外电子化的SOP要检索、统计的便捷性方面也明显比传统SOP具有优势。
验证是电子化SOP管理系统使用的重要基础，需要考察系统的运行是否可以满足研究机构的使用需求，并且符合相关法规的需求。内容主要涉用系统的可靠性、对于指令的反应、存储容量、网络连接、不同工作环境对系统的影响等。
系统的安全性主要涉用设备故障时资料的完整性、是否会发生未授权或是突破使用权限的问题、而对病毒时系统和资料的安全。同时，必须具备灾难恢复的程序，并对其加以验证，能够保证在系统出现崩溃的情况下，在限定的时间内对资料予以恢复。出于对SOP可使用状态不应间断的考虑，还应该为电子SOP的使用提供一种替代选择。如，可以使用有移动电源的便于工作携式电脑。
使用权限的设定一般包含阅读文件、修改文件、创建文件、删除文件。此外，还包括SOP管理员、计算机系统管理员、用户等不同角色的设定，如作为用户应该具备阅读的权限，这此内容应该在SOP中有很明确的规定。需要注意的是，所有的管理员或使用者都必顺经过有效的培训。
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