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以前的生物肥料只是一种辅助xing肥料，它本身并不含有作物生长所需要的营养元素，二是通过自身微生物的生命活动，改善作物营养条件，如固定空气中的氮素，参与养分的转化，促进作物对养分的吸收，分泌各种激素刺激作物根系发育，抑制有害微生物的活动等，以达到促进作物生长的目的。现在反战的生物肥料，已不仅仅是一种辅助xing肥料，还可以提供给作物各种营养，如将活的微生物特定中或菌株与微量元素复合而成的生物微肥等。
生物肥料的种类很多，按其制品中特定的微生物种类分为细菌肥料、放线菌肥料、真菌类肥料、固氮蓝藻肥料等。根据其作用不同，生物肥料可分为五大类。
有固氮作用的菌肥。包括根瘤菌肥料、固氮菌肥料以及固氮蓝藻等。
分解土壤有机物的菌肥。包括有机磷细菌肥料和复合细菌肥料。
分解土壤中难溶xing矿物的菌肥。包括硅酸盐细菌肥料、无机磷细菌肥料等。
促进作物对土壤养分利用的菌肥。包括菌根菌肥料等。
抗病及刺激作物生长的菌肥。包括抗生菌肥、增产菌肥等。
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