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活性炭最适合是放在网袋中然后再将它系紧固定。装满活性炭的袋子可以放在过滤槽中，必要时，可以强迫全部的水流通过活性炭，但在某种情况下这会增加过滤器运转的阻力并减低其效用。然而因为活性炭的作用非常的慢，所以建议采用部分的水流通过活性炭过滤器即可，这样不会影响到过滤器的抵抗性。这个方法的好处在于好氧性与厌氧性细菌可以同时生长在过滤器中，好氧性细菌可行氧化分解作用，而厌氧性细菌会在活性炭的无氧地带，将硝酸盐分解成氮气。因此活性炭过滤材料会随着时间，由化学的过滤性质转变为生物的过滤性质。活性碳多多少少都会掉碳粉，这是正常的。
水族市场出售有多种活性炭产品，许多水族爱好者很难辨别它们的好坏。有的产品根本只是木炭而已，无法有效地去除有害物质，这种从表面上看起来象木炭的产品，通常具有光泽，不要购买。好的活性炭产品是经过“活化处理”的，所谓“活化处理”是指在制造过程中，将活性炭的孔隙率给予显著地提高，使其更具吸附力。但是产品是否有经过“活化处理”用肉眼是很难辩识的，通常只能根据产品的特性说明去判断。此外，在选购时请记住颗粒愈小，效果愈好。因为它的总表面积愈大，孔隙愈多。但颗粒也不可太细而成粉末状，以免造成使用上的不便，影响到过滤器的过滤流量。一般以粒度约为直径1mm较佳。 活性炭虽然可用予去除水质中的悬浮物，但它的空隙很快就会被悬浮物堵塞，而失去原来的功效。所以应该把它放置在过滤棉的下面，让过滤棉先处理掉水质中的悬浮物后，过滤棉无法处理的可溶性有害物质再交由活性炭来处理，但为防止颗粒太小的活性炭随着滤水的尾程流入水族箱内，也为了以后能方便地更换，是将它作为第二层过滤材料来放置，而将其他的过滤材料，诸如：生物过滤球、陶瓷圈等等放置其下。
煤质柱状活性炭粉状的，煤质活性炭粉状的在气相液生应用中加入液体，过滤后沉降，而得到液体，这就造成了粉状煤质活性炭不能再次利用，这也不是木质活性炭这样操作后还能用，这就是根据使用过程中，使用性能没有提高，那就没办法决定其效应，但是粉状煤质活性炭在使用后，如果需要再生，只能挖出来再进行再生法再生。
