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厂房配置与空间
厂房应依作业流程需要及卫生要求，有序而整齐的配置，以避免交叉污染。
厂房应具有足够空间，以利设备安置、卫生设施、物料贮存及人员作息等，以确保食品之安全与卫生。食品器具等应有清洁卫生之贮放场所。
制造作业场所内设备与设备间或设备与墙壁之间，应有适当之信道或工作空间，其宽度应足以容许工作人员完成工作（包括清洗和消毒），且不致因衣服或身体之接触而污染食品、食品接触面或内包装材料。
检验室应有足够空间，以安置试验台、仪器设备等，并进行物理、化学、官能及（或）微生物等试验工作。微生物检验场所应与其他场所适当区隔，如未设置无菌操作箱者须有效隔离，惟易腐败即食性成品工厂之微生物检验室应有效隔离。如有设置病原菌操作场所应严格有效隔离。
厂房区隔
凡使用性质不同之场所（如原料仓库、材料仓库、原料处理场等）应个别设置或加以有效区隔。
凡清洁度区分不同（如清洁、准清洁及一般作业区）之场所，应加以有效隔离
高级别洁净室的建造费用很高，一般来说，100级垂直单向流的洁净室，其室内装修(墙、顶、地、门、窗等)和空调净化系统(包括制冷空调设备和管道配件、净化设备和配件等);如果加上纯水制备设备和系统管道，纯气发生和系统管道，废水治理设备和管道，消防系统，供配电和自控系统，真空清扫系统等等，其单位面积的建造投资费用要高达几元人民币/ m2。
(一)建造投资费用高
高级别洁净室的建造费用很高，一般来说，100级垂直单向流的洁净室，其室内装修(墙、顶、地、门、窗等)和空调净化系统(包括制冷空调设备和管道配件、净化设备和配件等);如果加上纯水制备设备和系统管道，纯气发生和系统管道，废水治理设备和管道，消防系统，供配电和自控系统，真空清扫系统等等，其单位面积的建造投资费用要高达几元人民币/ m2。
随着我国生物技术、医疗卫生事业的快速发展，在微生物学研究、生物技术开发、遗传基因工程、特殊医疗用房、生化武器反恐等多个方面，越来越多的生物安全实验室净化工程相继建立和投入使用。特别是近些年来SARS、禽流感、甲型H1N1流感的大面积爆发，对我国生物安全实验室净化工程的建设又提出了新的、更高的要求。对生物安全实验室的建设，我国于2004年先后颁布了GB 19489．2004 实验室生物安全通用要求”、GB 50346—2004生物安全实验室建筑技术规范。为提高我国生物安全实验室应用和管理的水平，吕梁净化工程，相关部门已对GB 19489—2004进行了修订
