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细胞的细菌、真菌污染及排除
真菌污染是细胞培养过程中最常见的一种，尤其在梅雨季节进行细胞培养更易污染。污染培养细胞的多为烟曲霉、黑曲霉、毛霉菌、孢子霉、白念珠菌、酵母菌等。霉菌污染后多数在培养液中形成白色或浅黄色漂浮物。一般肉眼可见，较易被发现，短期内培养液多不混浊，倒置显微镜下可见于细胞之间纵横交错穿行的丝状、管状、及树枝状菌丝，并悬浮飘荡在培养液中。很多菌丝在高倍镜可见到有链状排列的菌珠；念珠菌或酵母菌形态呈卵形，散在细胞周边和细胞之间生长。镜下看时，要将培养瓶用酒精棉球擦干净，以防止与瓶外尤其瓶底外面生长的菌丝相混淆。真菌污染后，细胞生长变慢，但最后由于营养耗尽及毒性作用而使细胞脱落死亡。
细菌是一种原核细胞微生物，其大小以微米(μm)计。常见的污染细菌有革兰氏阴性菌和大肠杆菌、假单胞菌等，革兰氏阴性菌中白色葡萄球菌等比较常见。一旦发生细菌污染较易发现，多数情况下培养液短期内颜色变黄，表明有大量酸性物质产生，出现明显混浊现象；有时静置的培养液液体初看不混浊，但稍加振荡，就有很多混浊物漂起。倒置显微镜下观察，可见培养液中有大量圆球状颗粒漂浮。必要时可取少量培养液涂片染色检查以证实细菌种类；有的培养液改变不明显而又疑有污染，可取出少量培养液用普通肉汤接种或用未加双抗药物的培养液接种，也可取 10ml 细胞悬液以 100rpm 离心5min，沉淀中加入无抗生素的培养液2ml，置于37℃培养，24h 可得结果。污染后细胞发生病理改变，胞内颗粒增多、增粗， 最后变圆脱落死亡，造成试验失败和细胞株(系)丢失。
细菌和真菌污染多在传代、换液、加样等开放性操作之后发生，而且由于增生迅速，多再发生污染48h以内就已明显。在实验的最初两天密切观察实验样品是否有污染发生，有利于及时采取措施予以补救或排除。培养细胞一经污染，多数较难处理。如果污染细胞价值不大，宜弃之；有细胞株留存的或可购置的，可在寻找原因后彻底消毒操作室和二氧化碳培养箱(若发现真菌污染，可在污染孔内加入1mol/L氢氧化钠或硫酸铜
间充质干细胞外源性调控
除内源性调控外，干细胞的分化还可受到其周围组织及细胞外基质等外源性因素的影响。
(1)分泌因子
间质细胞能够分泌许多因子，维持干细胞的增殖，分化和存活。有两类因子在不同组织甚至不同种属中都发挥重要作用，它们是TGFβ家族和Wnt 信号通路。比如TGF 家族中至少有两个成员能够调节神经嵴干细胞的分化。最近研究发现，胶质细胞衍生的神经营养因子(GDNF)不仅能够促进多种神经元的存活和分化，还对精原细胞的再生和分化有决定作用。GDNF 缺失的小鼠表现为干细胞数量的减少，而 GDNF的过度表达导致未分化的精原细胞的累积。Wnts 的作用机制是通过阻止β-Catenin 分解从而激活Tcf/Lef 介导的转录，促进干细胞的分化。比如在线虫卵裂球的分裂中，邻近细胞诱导的Wnt 信号通路能够控制纺锤体的起始点和内胚层的分化。
(2)膜蛋白介导的细胞间的相互作用
有些信号是通过细胞-细胞的直接接触起作用的。β-Catenin 就是一种介导细胞粘附连接的结构成分。除此之外，穿膜蛋白Notch 及其配体Delta 或Jagged 也对干细胞分化有重要影响。在果蝇的感觉器官前体细胞，脊椎动物的胚胎及成年组织包括视网膜神经上皮、骨骼肌和血液系统中，Notch 信号都起着非常重要的作用。当Notch 与其配体结合时，干细胞进行非分化性增殖；当Notch 活性被抑制时，干细胞进入分化程序，发育为功能细胞。
(3)整合素(Integrin)与细胞外基质
整合素家族是介导干细胞与细胞外基质粘附的最主要的分子。整合素与其配体的相互作用为干细胞的非分化增殖提供了适当的微环境。比如当β1整合素丧失功能时，上皮干细胞逃脱了微环境的制约，分化成角质细胞。此外细胞外基质通过调节β1整合素的表达和激活，从而影响干细胞的分布和分化方向。
干细胞老化的表现和处理
干细胞在培养过程中如果环境不适合其生长就会出现部分细胞的老化现象。这是干细胞培养的一个难点也是经常出现的问题。 干细胞老化表现： 细胞胞浆内特别是在核区附近出现黑色颗粒，表示细胞开始出现老化；细胞胞浆内出现空泡，则表明该细胞已老化或者已经开始分化(在全部细胞中出现少数老化细胞是正常的)；细胞立体感逐渐消失，细胞间的间隔不清，部分细胞扁平状，细胞的形状趋向多样； 贴壁性减退，出现一些漂浮的细胞；部分分泌强的细胞分泌物增多，细胞表面会比较脏；细胞增殖速度明显下降，分裂相的细胞明显减少。
干细胞老化的原因和预防： 接种密度的影响：部分干细胞具有一定的分泌性能，能够分泌一些对细胞有支持能力的因子类物质；所以必须维持一定的接种密度，否则会导致细胞增殖减慢，最后出现老化； 消化过度：消化细胞时会对细胞的表面蛋白有较强的损伤，所以消化的时间不能过长，使用合适浓度和pH 值的消化酶，否则会导致细胞老化和分化；
合适的密度的时候就要传代：细胞如果过密，接触抑制作用会导致细胞的活力减弱并影响增殖导致老化；
使用合适的血清和培养基：不同的干细胞对培养基特别是血清的要求不同，所以使用不同的培养用的血清进行筛选，寻找最适合该干细胞培养的血清是预防细胞老化，维持细胞正常生长的重要保证。
