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生物有机肥中含有丰富的有益微生物，而土壤环境十分适宜微生物的活动，所以有益微生物在土壤中迅速繁殖，挤占有害菌的生存空间。土壤微生物主要包括:细菌、放线留、真菌和壤类等。
土壤细菌按其营养方式又分为:自养型及兼性自养型细菌和异养型细菌两种。土壤真菌分布很广，适应的酸度条件较宽，在低于pH4 .0的条件下生长发育良好。放线菌是菌体呈分枝状或辐射状纤细的茁丝体。它们在土壤中的数量仅次于细菌。大多数放线菌为腐生型。
柑橘树有机肥施肥原则
以有机肥为主，化肥为辅，充分满足柑橘树对各种营养元素的需求，保持或增加土壤肥力及土壤微生物活性，所施的肥料不应对果园环境和果实品质产生不良影响，使用符合国家行业标准的农家肥、化肥、微生物肥料及叶面肥等。
禁止使用未经无害化处理的污泥、城市垃圾；禁止使用含有重金属、橡胶等有害物质的生活废物；
禁止使用医院的粪便、垃圾和工业垃圾；禁止使用未腐熟的人畜粪便；
禁止使用未获国家有关部门批准登记生产的肥料。因施用某种肥料造成土壤或水源污染或影响柑橘生长，甚至造成柑橘果品质量达不到卫生标准时．则立即停止使用这些肥料。
河北源海生物有机肥。从广义来说一切含有有机物质，经发酵分解能释放出无机养分，供植物吸收利用的有机废弃物均可称为有机肥料。一般多将有机肥料称为农家肥料。主要是指在农村中收集、积制和栽种的肥料，如人畜粪尿、厩肥、堆肥、绿肥等。其特点是:养分完全而含量低，肥效迟缓，并有改良土壤的作用。
有机肥料中所含的大量有机物质，在土壤中一方面进行矿化，释放养分;另一方面进行腐殖化，形成土壤腐殖质，它是土壤肥力的重要物质基础。腐殖质是土壤有机质的主体，约占土壤有机质总量的50%—75%，腐殖质可促进土壤中团较结构的形成，改善土维的物理状.协调土壤水、气比例，提高土壤保肥供肥能力，改善土壤热状况，提高土壤的缓冲性能，使土壤肥力水平有所提高。
