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有机肥一般多作为基肥使用。基肥也叫底肥，是在植物播种或移植、定植前施入的肥料。一般基肥施用量较大。通常最适宜用做基肥施用的肥料，应该是那些在栽培植物生长过程中施人后，一时难以被植物吸收的肥料，如有机肥料和级效肥料等。通常不用速效肥料做基肥。一则容易流失;二则因为施用速效肥料尤其是氮肥，用量多，会使栽培植物初期发育过分旺盛，容易造成倒伏和病虫害，枕各种无机肥料而言，磷肥和钾肥一般都作为基肥施用。
果园有机肥施肥方法：
(1)环状沟施上层薄、土质差的果园，施基肥可结台园地深翻换土。即在树冠外沿开沟，沟宽0.5米，深0.6米左右，将肥与表士混合或分层施入沟的中、下层，心土放上层或撒于地表面。
(2)条状沟施肥料较少时，头一年南北两面开沟施；第二年在东西两面开沟施，方法同上。
(3)放射状沟施土壤肥沃的果园，因施基肥时期推迟，树体较大，根系分布较广，为了少伤根，可先采用放射状沟施入基肥。即以树干为中心，距树干1米左右处，根据树冠大小和肥料数量的多少，开4-8条放射状沟，沟应内浅外深，深处可达0.5米左右（近树干处浅，远树干处深），“下损伤大根为宜，同时沟底应内窄外宽，以利根系吸收。填入肥料的方法同上。2-3年后，在树冠下普挖一遍后，再采用环状沟或条状沟施肥方法。
鸡粪有机肥发酵过程中的一切生物化学过程都是在酶的参与下进行的，酶活性大小反映了有机物料堆制中各种生物化学过程的强度。接种微生物菌剂的鸡粪堆肥，由于菌剂中含有较多产纤维素酶、蛋白酶、脂肪酶和过氧化氢酶等酶的微生物。因此，其各种酶活性显著高于自然堆制。此法的优点：减少了有机肥的恶臭味，杀死了其中的有害病菌虫卵理效率高，易于工厂化生产。
