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畜禽粪便也是有机肥料的一种。到上世纪60年代中后期养殖场的鸡粪发酵无害化处理技术已基本成熟。先进国家推行畜禽养殖清洁生产技术，特别是清粪工艺改为干清粪方式，效果较好。从国外新近的资料来看，鸡粪发酵作肥料还田仍然是最主要的出路。
目前国内外将鸡粪发酵作肥料的主要工艺和方法包括：沼气厌氧发酵法、高温快速烘干法、微波法、膨化法、充氧动态发酵法、塔式翻动发酵。
上述各处理方法和工艺中，由于处理的成本高、处理的效率低、处理设备的寿命短以及鸡粪发酵的发酵不彻底等原因，并没有能在国内大量的推广开来。我国亟需研究和整合新的鸡粪发酵生产商品有机肥料的工艺和方法。
柑橘树有机肥施肥原则
以有机肥为主，化肥为辅，充分满足柑橘树对各种营养元素的需求，保持或增加土壤肥力及土壤微生物活性，所施的肥料不应对果园环境和果实品质产生不良影响，使用符合国家行业标准的农家肥、化肥、微生物肥料及叶面肥等。
禁止使用未经无害化处理的污泥、城市垃圾；禁止使用含有重金属、橡胶等有害物质的生活废物；
禁止使用医院的粪便、垃圾和工业垃圾；禁止使用未腐熟的人畜粪便；
禁止使用未获国家有关部门批准登记生产的肥料。因施用某种肥料造成土壤或水源污染或影响柑橘生长，甚至造成柑橘果品质量达不到卫生标准时．则立即停止使用这些肥料。
有机肥、生物有机肥、微生物菌肥含有丰富有机质和有益菌种，施人土壤后增加土壤中有益微生物数量，另一方面为土壤微生物的活动创造良好的环境条件，增强土壤微生物活性，从而加速土壤中有机物质的分解与养分释放。同时微生物本身在其生命活动的过程中，还可分泌各种物质，如有机酸、酶、生长素及抗生素等，也会促进植物生长发育。
