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关于氢气浓度问题
摄入氢气的浓度首先应考虑限制在极限浓度4%的范围内。针对摄入浓度的问题已经进行了大量的试验，日本关于氢气研究的首篇论文，分别对1%、2%、4%的浓度进行研究。这篇论文成为此后氢气浓度研究的重要参考文献。1975年《科学》报道氢气对恶性肿瘤的治疗时采用了高压氢气，以期达到一定限度提高供给氢气的量。
喝水和注射液浓度一般都是选择纯氢气的饱和浓度，然后根据体积来调整给氢气的量，因为大部分学者都认为应尽量多给氢气才更有效果，很少有进行小剂量研究的，但也有学者采用饱和浓度的1/20，并发现对巴金森病有一定效果。
灌肠法给氢气的实验研究
日本学者采用肠管内注射氢气盐水的特殊给氢气方法治疗肠缺血再灌注损伤，目的是探讨氢气局部使用是否能解决肠移植后损伤的问题。理论上对下消化道疾病可以产生比较理想的效果，而且相对比较容易使用。
氢水对肠缺血再灌注损伤的保护作用早有研究，本研究的出发点是,通过腹腔和静脉注射可能无法保证肠局部足够的氢气浓度，通过不同给药方法对局部氢浓度效果的比较，认为肠管内直接灌注才是理想的给氢方法。
在检测局部氢气浓度的基础上，作者选择了局部灌注给氢水的方法，观察了对肠缺血后组织学、细胞凋亡数量、氧化损伤和炎症因子等的影响，确定了这种方法可以作为肠缺血保护的手段，这一研究目的是将这种手段作为肠再体保护的方法。
氢气应用于脑外伤治疗
创伤性脑损伤也称为脑损伤或头部损伤，是由外伤引起的脑组织损害。造成创伤性脑损伤的常见原因有交通事故、高处坠落、失足跌落、工伤事故和火器伤，偶见生产时造成的新生儿颅脑损伤。急性创伤性脑损伤也是诱发神经退行性疾病如老年性痴呆和帕金森病等的重要因素。创伤导致组织氧化应激和炎症反应是导致这些疾病的重要因素。
氢气是公认的理想的抗氧化和抗炎症物质，对多种氧化应激和炎症损伤具有积极的治疗作用。北京天坛医院神经外科的研究发现注射氢气生理盐水能有效对抗急性创伤性脑损伤。来自美国退伍军人事务部普吉特海湾卫生保健系统、华盛顿大学、威斯康星大学、圣路易斯大学、日本森田大学医学院和斯洛伐克兽医医药大学等三个国家6家研究机构11位研究人员的强大阵容，共同完成一项采用富氢水治疗急性创伤性脑损伤及其治疗分子机制的研究。
通过动物模型试验研究发现，饮用富氢水能逆转急性创伤性脑损伤后脑水肿大约50%，明显抑制7天内多种细胞因子的增加。富氢水能明显抑制许多氧化代谢、细胞因子释放、白细胞粘附和迁移、细胞因子转运等变化。氢分子对急性创伤性脑损伤明显的保护作用以及减少继发性损伤的功效，都提示氢气是治疗急性创伤性脑损伤的一种简单有效方法。这些都值得继续深入开展临床医学研究。