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蜂蜜保存宜放在低温避光处，最好放入冰箱内低温保存，不宜阳光直射，通常保质期为18个月。由于蜂蜜是属于弱酸性的液体，能与金属起化学反应，在贮存过程中接触到铅、锌、铁等金属后，会发生化学反应。因此，应采用非金属容器如陶瓷、玻璃瓶无毒塑料桶等容器来贮存蜂蜜。
蜂蜜在贮存过程中还应防止串味、吸湿、发酵、污染等。为了避免串味和污染，不得与有异味物品（如汽油、酒精、大蒜等）腐蚀性的物品（如化肥、农药、石灰、碱、硝等）或不卫生的物品（如废品、畜产品等同储存）。 国家规定瓶装蜜保质期为18个月，但封成熟浓度高的蜂蜜也能保质多年。但吃蜂蜜新鲜为好，因新鲜蜜一般色、香、味口感较好！
蜂蜜结晶处理办法把蜂蜜连同瓶子一起在热水中浸泡，但要注意热水温度必须低于50摄氏度，因为温度过高会使蜂蜜中的酶失活、维生素损失。可连瓶子一起，放入冷水锅内慢慢加热，当水温达到50～60度时，沉淀物就会自然融化，而且不会再沉淀。放置到夏天自然化开。
真正的没有加工的蜂蜜在夏天摇动后蜂蜜中会有大量的泡泡，使蜂蜜很容易涨出蜂蜜瓶，并且在蜂蜜的表面形成一层白泡泡！。但静放几个小时后，泡泡会自动消失，但打开蜂蜜瓶时会有气体冲出！（即使是放在常温下蜂蜜中最高度43度蜂蜜在摇动时也有非常明显的泡泡），但只要到秋天气温下降了，就没有这个现象了!
