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有机肥进人土壤后，在土壤水分、空气、动物及微生物的作用下粉碎、溶解、氧化、分解和合成等过程。肥料中的有机质的一系列的转化过程。发生有机质的转化是按照两个方向进行的:一个是把复杂的有机物质分解为简单的化合物，最后生成水、二氧化碳，氮和无机盐类，称为有机质的矿化过程;过程，称为腐殖化过程。另一个是有机物质经过微生物的深刻分解前者可使养分得到释放，提高土壤肥力水平。
一般在夏季，经微生物发酵剂处理的鸡粪堆肥达到无害化指标的堆制时间一般为20天左右，而自然发酵达到这一指标时间常需60天左右。主要是因为微生物的生长繁殖，使物料中物质发酵降解，缩短堆肥达到高温阶段的时间，并延长高温期。而在冬季尤其是北方，由于气温太低，发酵时间会加长。
单施基肥存在某些缺点，首先当植物生长速度慢时，不容易改变盐分水平，特别是难以降低其水平;其次，可能提供高水平的养分条件，使得作物在完成其生长阶段时，难以控制其生长;有线基肥肥效的释放与漫度条件和细菌有关，因此施肥量随条件变化而异。
有机肥改善土壤的物理性质的作用：
腐殖质为胶体物质，并具有水稳性的主要物质。土壤腐殖粘结力比粘土，粘着力小10.5倍，而比沙粒，使沙质不散，粘质土发暄。提高沙土保水保肥力，对粘性土壤能减少它的内聚力，使它变疏松，利用耕作和排水，延长土壤宜耕期。腐殖质还有增深土壤颜色，起吸热增温作用，有利于种子萌芽和作物生长。腐殖质吸水能力强，一般可以吸收本身重量9至25倍水，有助于作物的抗旱和抗涝。
