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微生物肥料应用过程中的问题
微生物肥料作为对传统化肥、有机肥的补充产品，在应用上更多的采用配合使用的方法。此外，由于其中存在有活的微生物菌种，故在应用时应考虑所施用的环境条件与微生物肥料的适宜性，这是保证微生物肥料发挥应有效果的重要前提之一。
首先，用户在应用微生物肥料前要通过产品的各项指标说明，明确产品的特点、功能、作用和施用方法。其次，应避免开袋后长期不用，防止其他菌就可能侵入袋内，使微生物菌群改变，影响其使用效果。最后，还应是避免在高温干旱条件下使用，并避免与未腐熟的农家肥混用，以免因高温杀死肥料中的微生物，同时应避免与农药同时使用。
生产微生物肥料所用菌必须足安全的。菌种首先必须对人、动物、植物无急性、悲急性病害，其次要有一定的功效。优良菌株很重要，因为同一种菌，经过筛选或诱变，可以筛选到作用更强的菌株。菌种应用要科学、合理。有的肥料产品将人豆根瘤苗用于禾本科作物如小麦、玉米等，这是十分可笑的。芽孢类菌组合也应做试验，有些种类不适宜组合，有些菌的安全性也应检定。
微生物肥料不要长时间暴露在阳光下，以免紫外线杀死肥料中的微生物，有些产品不宜与化肥混用，更不能与杀菌剂混用 微生物肥料发展很快，但也存在一些不合理的问题。如盲目地认为肥料中加入菌的种类越多越好而将互相拮抗菌放在一起；发酵设备不完善；工艺不先进；生产技术低下；产品质量不稳定；微生物复合肥料中化肥比例大，名不符实；基础性研究薄弱；高新产品丌发滞后等等。微生物肥料不可能解决生产中的全部问题，但与化肥相比，微生物肥料目前在农业增产中的作用还太小，是应该大力发展的肥料品种。
微生物菌肥的作用，改善土壤环境
原来为提高作物产量，大量施用化肥、农药，加剧了土壤生态系统的破坏，使用微生物菌肥料是修复土壤生态系统的关键措施。微生物肥菌进入土壤生态系统后，在适当的水分、温度pH值等条件下，与土壤有益微生物共同形成优质菌群，挤占病原菌的生存空间，降低作物得病的机会。促进土壤生态系统中碳、氮和氧的循环。
