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微生物菌肥是将目标微生物（有益菌）经过工业化扩繁之后，加工制成的活菌制剂，再放入有机载体。农用微生物菌剂，广泛应用于经济作物种植、禽畜粪便腐熟、工业废弃物处理、环境改良等场合。
微生物菌剂的功能及作用
一般情况下，农用微生物菌剂，应用于农业生产，具有以下主要功能和作用：
1、预防病害：改善土壤微生物菌群、抑制土壤病原菌繁殖，可有效预防作物的根腐、立枯等病害；
2、提高地力：活化土壤有机与无机养份，提高肥效率，促进作物循环、长效吸收利用，增根壮苗果实饱满；
3、改良土壤：改善土壤团粒结构，消除板结，提高保水保肥能力，抗旱、抗逆、抗寒、抗倒伏；不间断使用，可改善土壤微生态环境。消除土壤板结、中和酸碱度、降低土壤重金属和盐碱毒害；
4、增根、发苗、壮秧：有益微生物在繁殖代谢过程中，可分泌细胞分裂素、吲跺乙酸、维生素、本乙酸、赤霉素等植物生长素及氨基酸等活性物质，强力促进增根、生根，壮根、毛细根数量增加一倍以上；吸水、吸肥能力加强，茎粗、苗壮、移栽缓苗快等特点。
复合微生物菌肥的种类之联合固氮菌复合生物肥料
固氮菌由于植物的分泌物和根的脱落物可以作为能源物质，固氮微生物利用这些能源生活和固氨，因此称为联合固氨体系。我国科研人员将从水稻、玉米、小麦等禾本科植物根系中分离出的联合同氨细菌制成微生物菌肥，这样的微生物菌肥中的微生物具有固氮、解磷、澈活土壤微生物和分泌植物激紊等功能，促进作物生长发育，提高单位面积产量。
微生物菌肥中有效活菌含量：
一般来说．凡是没有生物拮抗作用的微生物菌都可组成复合微生物菌肥料施用。目前按剂型不同分为液体、粉剂和颗粒3种。根据复配的其他营养物质又可区分为生物有机肥、生物有机无机复合肥等。
复合微生物肥料可以增加土壤有机质、改善土壤菌群结构，并通过微生物的代谢物刺激作物生长，抑制有害病原菌。复合微生物菌肥料的有效活菌数，粉剂型为2亿个／克，固体为1.5亿个／克；
