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微生物肥料应用过程中的问题
微生物肥料作为对传统化肥、有机肥的补充产品，在应用上更多的采用配合使用的方法。此外，由于其中存在有活的微生物菌种，故在应用时应考虑所施用的环境条件与微生物肥料的适宜性，这是保证微生物肥料发挥应有效果的重要前提之一。
首先，用户在应用微生物肥料前要通过产品的各项指标说明，明确产品的特点、功能、作用和施用方法。其次，应避免开袋后长期不用，防止其他菌就可能侵入袋内，使微生物菌群改变，影响其使用效果。最后，还应是避免在高温干旱条件下使用，并避免与未腐熟的农家肥混用，以免因高温杀死肥料中的微生物，同时应避免与农药同时使用。
微生物菌肥的使用方法（一）
微生物菌肥能够改良土壤结构，为作物和土壤微生物生长提供良好的营养和环境条件，施入较多的菌肥，也不会出现烧根烧苗现象，但并不是越多越好。这是因为氮、磷、钾是作物生长所需要的大量元素，而生物菌肥富含生物菌，含有作物所需的这些元素并不是太多，生物菌肥的作用是解磷解钾，帮助作物更好的吸收那些被大量浪废的氮磷钾等元素(请注意：化肥的利用率只有30%左右，而70%左右的氮磷钾都白白浪废了，菌肥中微生物的重要作用就是将这被浪废的氮磷钾重新利用，为用户省钱)。而当土壤中营养元素缺乏时，即使施用菌肥再多，农作物的产量也不会再增加多少，因为“麻袋绣花，底子太差”。因此，不可盲目依靠大量施用生物菌肥来求得增产，正确使用微生物菌肥的用量，大田作物一般是一亩地200公斤(或依据不同地块养分情况增加用量，详情应咨询)，经济作物、果蔬类在土壤养分够用和成本能承受的情况下可以成倍增加用量。
复合微生物菌肥的主要功效及作用机理
复合微生物肥料功能及其作用机理的研究近年已有很多文献报道，肥料中起关键作用的是活的有效微生物。利用微生物生命活动及其代谢产物的作用，改善作物养分供应，向农作物提供营养元素和生长物质，调控作物生长，达到提高产量和改善品质，增强土壤肥力，减少或降低病虫害发生，改善环境质量的目的。
