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生产微生物肥料所用菌必须足安全的。菌种首先必须对人、动物、植物无急性、悲急性病害，其次要有一定的功效。优良菌株很重要，因为同一种菌，经过筛选或诱变，可以筛选到作用更强的菌株。菌种应用要科学、合理。有的肥料产品将人豆根瘤苗用于禾本科作物如小麦、玉米等，这是十分可笑的。芽孢类菌组合也应做试验，有些种类不适宜组合，有些菌的安全性也应检定。
微生物肥料不要长时间暴露在阳光下，以免紫外线杀死肥料中的微生物，有些产品不宜与化肥混用，更不能与杀菌剂混用 微生物肥料发展很快，但也存在一些不合理的问题。如盲目地认为肥料中加入菌的种类越多越好而将互相拮抗菌放在一起；发酵设备不完善；工艺不先进；生产技术低下；产品质量不稳定；微生物复合肥料中化肥比例大，名不符实；基础性研究薄弱；高新产品丌发滞后等等。微生物肥料不可能解决生产中的全部问题，但与化肥相比，微生物肥料目前在农业增产中的作用还太小，是应该大力发展的肥料品种。
高端复合微生物料的添加菌——VA菌根真菌
菌根是土壤中某些真菌侵染植物根部，与其形成的菌一根共生体，复合微生物肥料中常用的是VA菌根真菌．VA菌根不但侵染的植物种类多，范围广，而且其菌丝具有协助植物吸收磷营养的功能·另外复合微生物肥料中的菌根真菌对硫、钙，锌等元素及养分的吸收能力也为实验所证实。目前国内外的研究者用各种方法人工培养大量接种VA菌根的植物根，然后用侵染了VA菌根的植物根段和有大量活孢子的根际土壤接种作物，获得较好的增产效果。VA菌根接种剂主要接种于名贵花卉，菌术，药材和经济作物。
微生物菌肥中的——光合细菌
光合细菌是一类将光能转化成生物代谢能量的原核微生物，是地球上最早的光合生物，广泛分布在海洋．江河．湖泊、沼泽，池塘．活性污泥及水稻，水葫芦、小麦等根际土壤中．光合细菌的种类较多，包括蓝细菌，紫细菌，绿细菌和盐细菌等。微生菌肥中常用的主要是红螺菌科中的一些属种．
