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微生物菌肥是将目标微生物（有益菌）经过工业化扩繁之后，加工制成的活菌制剂，再放入有机载体。农用微生物菌剂，广泛应用于经济作物种植、禽畜粪便腐熟、工业废弃物处理、环境改良等场合。
微生物菌剂的功能及作用
一般情况下，农用微生物菌剂，应用于农业生产，具有以下主要功能和作用：
1、预防病害：改善土壤微生物菌群、抑制土壤病原菌繁殖，可有效预防作物的根腐、立枯等病害；
2、提高地力：活化土壤有机与无机养份，提高肥效率，促进作物循环、长效吸收利用，增根壮苗果实饱满；
3、改良土壤：改善土壤团粒结构，消除板结，提高保水保肥能力，抗旱、抗逆、抗寒、抗倒伏；不间断使用，可改善土壤微生态环境。消除土壤板结、中和酸碱度、降低土壤重金属和盐碱毒害；
4、增根、发苗、壮秧：有益微生物在繁殖代谢过程中，可分泌细胞分裂素、吲跺乙酸、维生素、本乙酸、赤霉素等植物生长素及氨基酸等活性物质，强力促进增根、生根，壮根、毛细根数量增加一倍以上；吸水、吸肥能力加强，茎粗、苗壮、移栽缓苗快等特点。
微生物菌肥中有效活菌含量：
一般来说．凡是没有生物拮抗作用的微生物菌都可组成复合微生物菌肥料施用。目前按剂型不同分为液体、粉剂和颗粒3种。根据复配的其他营养物质又可区分为生物有机肥、生物有机无机复合肥等。
复合微生物肥料可以增加土壤有机质、改善土壤菌群结构，并通过微生物的代谢物刺激作物生长，抑制有害病原菌。复合微生物菌肥料的有效活菌数，粉剂型为2亿个／克，固体为1.5亿个／克；
微生物菌肥料的研究方向
日前微生物肥料发展速度落后于肥料工业的发展要求。我国在长期的农业生产应用中取得丁较好的效果，加之近年DNA重组技术应用于微生物肥料领域后极大地促进这一领域的发展，不仅大大加快了筛选优良菌种的进程，而且还可以构建新的优良菌种。随着人们环境保护意识的提高，微生物肥料将有巨大的潜力。
微生物肥料主要存在肥效慢、专一性强、使用面较窄、贮存期短、易死亡等问题，而且苗种分类地位不明确，有些产品使用的菌种缺乏必蓥的鉴定材料，不利于产品的标准化和商品化。
