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黄芩多用种子繁殖，春播在3月下旬至4月中旬，夏播在6~7月，秋播在10~11月上旬。春播前宜将种子用40~50℃温水浸种5~6小时，捞出摊置20~30℃的条件下催芽，3~5天后，待种子萌动时即可播种。在整好的畦内按行距20~25厘米开沟，沟深3~5厘米，将种子与西沙混匀，均匀撒于沟内，覆土，稍镇压，上盖薄膜或树叶、杂草和碎秸秆等物保温保湿。春播可在10天左右出苗，出苗后揭取覆盖物，每亩用种量2~2.5公斤。
黄芩花期长达3个多月，种子成熟期很不一致，且极易脱落，需随熟随收，最后可连果枝剪下，晒干打下种子，去净杂质备用。种子发芽率60%。在15～18℃的温度下，有足够的湿度，播种后约11天出苗。播种分直播和育苗两种，直播好，可节省劳力，根条长，叉很少，产量较高。小面积种植，为便于管理，节省土地，也可育苗移栽。
直播分春播和秋播，春播于4月中旬，秋播于8月中旬，宜开沟条播，按行距30～40厘米开2～3厘米浅沟，将种子均匀的撒入沟内，覆土盖平，镇压后浇水，每公顷播种量7．5～112．5千克，播种后经常保持土壤湿润，以利出苗。
种子繁殖 一般采用直播，因种子细小，出苗比较困难，必须把地整好。整地前每亩施腐熟厩肥2000—3000公斤，深耕细耙，畦面要求细、平，无灌溉条件的山坡地可以不做畦。春播在3、4月，夏播可于雨季播种，也可冬播，以春播的产量最高，无灌溉条件的地方，应于雨季播种。一般采用条播，按行距25—30厘米，开2—3厘米深的浅沟，将种子均匀播入沟内，覆土约1厘米厚，播后轻轻镇压，每亩播种量0.50—1公斤。因种子小，为避免播种不均匀，播种时可掺5—10倍细砂拌匀后播种。播后及时浇水，经常保持表土湿润，大约15天即可出苗，出苗后要间去过密的弱苗，当苗高6—7厘米时，按株距12—15厘米定苗，并对缺苗的地方进行补苗，补苗时一定要带土移栽，可把过密的苗移来补，栽后浇水，以利成活。
