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长期使用碘伏，会对身体和皮肤有伤害，高浓度溶液如0.5%碘伏会有色素沉着现象、变硬等刺激现象，但这些都是一过性的，停用后都会消失。
有研究碘伏对甲状腺功能有影响，导致女性内分泌失调，但没有确切的根据。
还有一点，医院里外科医生经常性的用碘伏消毒手及胳膊，除有过敏的、导致皮肤干燥的之外，没有听说别的副作用。
目前，用于杀菌消毒的外用含碘消毒液主要有碘酊(俗称碘酒)、碘伏消毒液和皮肤粘膜消毒液，聚维酮碘消毒液，复合碘消毒液等;主要用于皮肤消毒。碘酊杀菌作用较强，其碘的含量为2%、碘化钾的含量为1.5%，因有强烈的刺激作用，不宜用于消毒粘膜，用于皮肤消毒时.待碘酊干后，须用酒精擦除，否则会引起皮肤发泡或过敏;同时也减轻对皮肤的着色。碘伏消毒液和皮肤粘膜消毒液以及聚维酮碘消毒液的刺激作用较小，可用于破损皮肤和粘膜的消毒防腐。
洗必泰的分类（瑞泰奇复合碘）
醋酸洗必泰为白色晶粉，无臭，味苦，无吸湿性，性质稳定；在20度时水中的溶解度为1.9%，加入适当的阳离子或非离子表面活性剂，或者提高水温，可以增加溶解度。可溶于酒精。 葡萄糖酸洗必泰为20%无色或浅黄色水溶液，无气味，味苦，能与水、醇、甘油互溶；性质稳定，耐储存。 国内基本采用醋酸洗必泰作为消毒洗手液的原材料，而国外4%的氯己定手消毒剂都是用葡萄糖酸洗必泰作为原材料。总的来说， 葡萄糖酸洗必泰的溶解性比醋酸洗必泰好，但价格较贵。
