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有机肥料中的氮主要以有机态存在。有机肥料进入土壤中后，在土壤微生物的作用下，随时都同时进行着两个相反的过程，一个是各种形态的有机氮，主要是多肽及其衍生物经过降解、脱酰胺化等作用变为NH:-N(矿化作用)。另一个是矿质态氮，包括铵态氮和硝态氮经过微生物的同化作用，变为有机态氮（生物同持作用）。土壤中的铵态氮和硝态氮量的增多或减少，将视两个作用相对强度的大小不同而定。当矿化释出的氮量大干微生物同化的氨量时，矿质态氮量将增多，是谓之净矿化，反之，矿质态氮量将减少，将从环境中同化一部分另外来源的矿质态氮，是谓之净固持，
有机肥释出的NH4-N和化学氮肥中的铵一样，一部分很快的被土壤胶体所吸附，一部
分则仍存留在七壤溶液中。二者的比例取决干土壤的阳离子交换量和阳离子变换复台体的性质。在一些含有较多量蛭石和水云母的土壤中，部分NH3-N还可由交换态变为矿物固定态。土壤溶液中的铵，可被作物直接吸收或通过硝化作用转变为NO-N后被作物吸收，也可通过氮挥发、反硝化作用以及淋溶作用等而损失。
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