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有机肥料种含有丰富的有机质和微生物菌种。这菌种可以缓慢分解有机质，持续提供养分。这主要是由于微生物可以将不含氮、硫的有机物质如苯酚、羧酸、甲醛等被分解为CO2和H20；将含氮的有机物氨化为NH3，NH3可被亚硝化细菌氧化为NO2-，再进一步被硝化细菌氧化为N03-；含硫的恶臭物质经微生物分解释放出H2S，被硫氧化细菌氧化成为硫酸等，使污染物得以去除。
酶活性变化。鸡粪堆积发酵过程中的一切生物化学过程都是在酶的参与下进行的，酶活性大小反映了有机物料堆制中各种生物化学过程的强度。接种微生物菌剂的鸡粪堆肥，由于菌剂中含有较多产纤维素酶、蛋白酶、脂肪酶和过氧化氢酶等酶的微生物。因此，其各种酶活性显著高于自然堆制。?
增加肥效。微生物可以分解鸡粪中的淀粉、脂类化合物、半纤维素和蛋白质等较易分解的物质以及部分纤维素和少量木质素，其中部分转化为水溶性碳、氮化合物，同时初期被微生物利用的部分碳、氮源随着微生物的死亡而被逐渐分解释放。
有机肥料中丰富的天然有机质。有机质的作用是多方面的，其主要作用是改善土壤理化性质、生物学性质和为植物提供生长所需的营养。
一、土壤有机质的作用
有机肥料中丰富的天然有机质作为林木花草营养的主要来源。有机质中含有植物所甜的一切养分，不仅含有氮磷钾等重要元素，还有植物生长不可缺少的微全元素。有机质通过分解释放出的无机态养料，是园林植物生长的重要供给。一些有机态化合物，也可被植物直接吸收利用。有机质分解产生的CO2，扩散到大气中，是绿色植物光合作用的碳源。刺激促进林木花草的生长发育
土壤有机质中的胡敏酸，具有芳香壤的多元酚宫能团，可以加强植物呼吸过程的活动，
低浓度的胡敏酸，能提高植物细胞膜渗透性，促进养分进人植物体。胡橄酸还可刺激植物根
系生长发育，提高植物抗旱力。有机质中所含激素、壤生素等，对植物生长能起促进作用，并可增强抗病、抗害能力。较高浓度的胡敏酸，对植物生长有抑制作用。
有机肥料除了含有各种微量元素外还有近50%的有机质，鸡粪有机肥中的天然有机质可以完全被土壤和植物吸收利用。
一般来说土壤有机质含有丰富的有机养分如蛋白质、糖类、脂肪、纤维素、木质索等。一般讲其存在形态有三种:
1、未分解和部分分解的动植物残体，仍保留形态学特征，为较新鲜的有机质。
2、经微生物分解，失去形态学特征，呈暗色块状物，包括有机物质的分解产物和新合成的简单有机化合物。
3、甲经过复杂的生化过程形成的性质稳定的腐殖物质，与土粒紧密结合，它是土艘有机质的主体，占有机质总量的多数，是土壤肥力水平的主要标志之一。
