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地下水水源热泵另一个主要问题是提取过热（冷）量的水如何向地下回灌，必须保证把水最终全部回灌到原来取水的地下含水层，才能不影响地下水的资源状况；把用过的水从地表排掉或排到其他浅层，都将破坏地下水的状况，造成对水资源的破坏。此外，系统还要设法避免灌到地下的水很快被重新抽回，否则水温就会越来越低（冬季）或越来越高（夏季），使系统性能恶性循环。
国家公务员考试关于地热能利用考点有如下部分：
地壳中地热资源的分布是不均匀的。从已发现的高温地热区看，绝大多数分布在板块构造的边缘地带——环太平洋带和地中海—喜马拉雅带。这些地带地壳不稳定，地壳内部的热能易于从这些薄弱地带传到地表，因而地热能比较丰富。我国的地热资源也很丰富，已发现的温泉有2000多处。我国东南沿海和西藏、云南一带，有许多温泉和热泉，是地热资源丰富的地区。
