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在复合分子泵的设计中，必须处理好涡轮级与牵引级之间的应配和衔接关系。由于涡轮级有较大的抽气面积，抽速很大，而牵引级沟槽抽气面积较小，在两种结构的联接处，由涡轮叶片压缩下来的气体分子的流动方式突然转变，使气体分子的运动在联接处由有序变成无序，至使返流增加，抽气能力下降。因此，在设计时应在涡轮级和牵引级转换处加上过渡级结构，以提高泵的抽气性能。随着复合分子泵的不断改进，其应用领域越来越广，在某些抽气系统上可以替代扩散泵，缩短了系统的抽气时间，并可获得无油污染的清洁真空环境。
泵污染 4.3.2.1泵污染的标志是即使漏气和脱附气率没有长时间变化，甚至长时间烘烤也不能恢复其真空性能，这时应对泵进行清洗，清洗需由专业技术人员处理，严禁不经培训而私自拆泵。
冲击防护：分子泵是高旋转机械，动静片间间隙很小，不能抗过大的冲击。
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